Vấn đề về sự tuyệt chủng của một số loài động vật không phải là vị trí cuối cùng trong thuyết tiến hóa và là vấn đề tối quan trọng trong việc giảng dạy của Darwin. Số lượng các loài sinh vật sống ở thời điểm hiện tại chỉ chiếm một phần không đáng kể trong tổng số các loài động vật từng xuất hiện trên hành tinh (dưới 1%). 99% danh mục cuối cùng đã chết, và có nhiều lý do cho điều này.
Các loài dễ bị tuyệt chủng nhất là các loài động vật được tìm thấy ở một hoặc nhiều nơi trong các khu vực địa lý hạn chế. Nếu toàn bộ phạm vi đã trải qua hoạt động của con người, thì các loài sống trong đó có thể biến mất. Nguyên nhân trực tiếp dẫn đến sự tuyệt chủng của một số loại động vật trong điều kiện tự nhiên là số lượng của chúng giảm xuống dưới mức tới hạn, được xác định bởi quy luật di truyền quần thể. Mức độ quan trọng là mức độ phong phú, dưới đó khả năng giao phối có quan hệ họ hàng gần trở nên lớn, dẫn đến giảm đa dạng di truyền của các loài. Do đó, có một tỷ lệ con cái bị rối loạn bẩm sinh làm tăng tỷ lệ tử vong ở các thế hệ mới. Các loài được hình thành do kết quả của một hoặc nhiều quần thể cũng bị tuyệt chủng nhanh chóng. Bất kỳ chủng loại nào cũng có thể biến mất do hỏa hoạn, động đất, dịch bệnh và hoạt động của con người. Các loài có quần thể khác nhau ít bị tuyệt chủng hơn so với loài nhỏ, loài lớn có lãnh thổ riêng rất lớn. Chúng cần rất nhiều thức ăn, và chúng thường trở thành con mồi cho con người. Các loài động vật lớn dễ bị tiêu diệt hơn, không chỉ vì chúng là con mồi, mà còn vì chúng cạnh tranh với con người trong việc săn mồi, đôi khi tấn công người và gia súc. Chúng cũng dễ bị tuyệt chủng, miễn là một phần phạm vi của chúng bị tiêu diệt. Với sự phát triển tự nhiên của tự nhiên, sự thay đổi của môi trường buộc một số chủng loại phải thích nghi với điều kiện mới. Những động vật không có khả năng thích nghi buộc phải di cư đến những nơi cư trú thích hợp. Nếu không, loài của chúng sẽ bị đe dọa tuyệt chủng. Tốc độ phát triển nhanh chóng của tài nguyên thiên nhiên vượt xa khả năng thích ứng, khiến di cư là lựa chọn duy nhất. Những loài động vật không thể băng qua đồng ruộng, đường sá và các môi trường sống bị xáo trộn khác sẽ bị tuyệt chủng. Chủ nghĩa độc tài luôn là tiền đề dẫn đến sự tuyệt chủng của các loài động vật có giá trị cao. Khai thác quá mức có thể làm giảm mạnh quy mô dân số. Nếu việc săn bắn không được luật pháp quy định, thì một số loại động vật có thể đang đứng trước bờ vực tuyệt chủng.
